簡介
蛋白質組學工作流程在臨床診斷和生物技術行業(yè)中變得越來越重要，例如在治療藥物監(jiān)測或生物標志物檢測中。特別是基于液相色譜質譜(LC-MS)的分析方法提供了同時檢測多種分析物的巨大優(yōu)勢(并且是定量的)。蛋白質組學工作流程傳統上受到LC-MS檢測時間和樣品制備通量的限制。而LC-MS設備技術和工作流程的進步現在顯著增加了可以每周處理的樣本數量，瓶頸已經轉向高效、穩(wěn)健、可靠的高通量樣本制備。在本應用中，我們演示了一種全自動高通量LC-MS樣品制備工作流程，將Hamilton液體處理技術與PreOmics iST工作流程相結合。
- 節(jié)省時間和成本，使96孔LC-MS樣品制備的無人值守時間增加
- 處理1-96個樣品具有靈活性，吸頭使用最少
- 標準化工作流程，具有高數據重復性和過程安全性
流程描述
自動化iST工作流程
在Hamilton液體處理平臺上處理96份樣本的試劑、實驗室器皿和模塊。每個步驟都會顯示設備上的溫度和運行時間。根據樣品材料的不同，溶解條件可能不同。消化后的肽重新溶解后，可將96孔板直接載入至LC-MS自動進樣器中。
應用軟件
操作員可通過圖形用戶界面定義每次運行的參數，例如LC-MS之前的消化時間或再增溶體積。
試劑盒描述
試劑盒包含使蛋白質一步變性、還原和烷基化的專有試劑，以及進行胰蛋白酶消化的酶。最終肽純化包括兩個正壓96孔板(iST-REG-PSI 96HT(192個樣本): P.O. 00108; iST-REG-PSI 96HT(384個樣本): P.O. 00112)。
技術
LC-MS樣品制備實驗，如PreOmics iST試劑盒，在其工作流程中經常使用有機和揮發(fā)性液體。Hamilton通道中的壓力系統允許通過例如抗懸滴技術(ADC)對此類液體進行可靠的監(jiān)測和控制。通道中集成的CO-RE（O型圈擠壓擴張）技術允許在不需要額外運輸工具的情況下，往返于臺面上的每個模塊。ODTC與Hamilton PCR Comfort蓋子相結合，可以高精度、均勻地控制蛋白質消化過程中的溫度，不會因蒸發(fā)而導致液體損失。The [MPE]2提供了處理濾板的正壓功能和快速干燥樣品的蒸發(fā)器模塊，無需離心機。
結果
進行四項實驗以評估自動化工作流程的重復性和穩(wěn)定性：
(1) 用釀酒酵母蛋白提取物進行交叉污染實驗，表明有在[MPE]2正壓過程及流程中的任何其他步驟中沒有發(fā)生交叉污染。
(2) 在兩個不同日期消化來自畢赤酵母和商用人血漿的蛋白質，并在獨立實驗中獲得數據。巴斯德畢赤酵母和人血漿中已識別蛋白的日間重疊率均達到100% 。
(3) 按照標準手動方案，消化等份的巴斯德酵母菌樣品。在手動日間運行中檢測到98%的已識別蛋白。
(4) 為檢測完整的96孔板自動化運行，處理了48份巴斯德畢赤酵母和48份商用人血漿蛋白提取物的等份試樣。獲得的標準化化蛋白強度表明，P. pastoris和人血漿的平均相關性分別為0.97和0.98 。
總結
驗證實驗和結果表明，PreOmics iST技術在Hamilton液體處理平臺上運行很有效。用戶可以通過自動化的標準化和可重復的工作流程，最終在不到4小時的總樣本處理時間內得到LC-MS級多肽。酵母、人血漿和腦脊液(CSF) 樣本的成功處理(未顯示)證明了在臨床、生物技術和研究環(huán)境中的適用性。
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