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終點(diǎn)PCR高速分析-島津微芯片電泳裝置MultiNA
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終點(diǎn)PCR（End Point PCR）是一種傳統(tǒng)的PCR方法，其特點(diǎn)是在PCR反應(yīng)完成后進(jìn)行分析和檢測(cè)。通常，終點(diǎn)PCR用于定性分析，即判斷是否存在特定的目標(biāo)序列。完成PCR反應(yīng)后，需要通過(guò)凝膠電泳或其他分子生物學(xué)技術(shù)來(lái)驗(yàn)證擴(kuò)增是否成功，經(jīng)常在檢測(cè)樣品中的特定DNA或致病基因等情況下使用。傳統(tǒng)瓊脂糖凝膠電泳技術(shù)中終點(diǎn)PCR的反應(yīng)時(shí)長(zhǎng)通常為1-2 小時(shí)，從制備瓊脂糖凝膠到獲得結(jié)果大約需要3 小時(shí)甚至更長(zhǎng)時(shí)間。
島津微芯片電泳裝置MultiNA是一款可以全自動(dòng)執(zhí)行與瓊脂糖凝膠電泳相同分析的分析裝置。無(wú)需制備凝膠，只需將專用試劑盒和分析樣品裝入設(shè)備即可進(jìn)行分析。使用島津微芯片電泳裝置MultiNA僅需10-15 分鐘即可以完成從試劑制備到樣本收集等的分析前準(zhǔn)備工作。
應(yīng)用案例
島津微芯片電泳裝置MultiNA的終點(diǎn)PCR高速分析
本文介紹采用Promega公司的GoTaq Rapid PCR Master Mix和Eppendorf公司的Mastercycler X50s Thermal cylcer擴(kuò)增PCR產(chǎn)物，利用島津微芯片電泳裝置MultiNA進(jìn)行的終點(diǎn)PCR分析。
1樣品配置及分析條件
PCR材料使用了50 ng的Human genomic DNA，PCR擴(kuò)增目標(biāo)是Human Beta-2-microglobin。試劑使用了Promega公司的GoTaq Rapid PCR Master Mix (圖1A) ，PCR反應(yīng)中使用了Eppendorf公司的Mastercycler X50s Thermal cycler (圖1B) ，PCR的Cycling setting(表1)所示。PCR反應(yīng)在n=3下進(jìn)行。
2通過(guò)MultiNA測(cè)定PCR產(chǎn)物
利用島津微芯片電泳裝置MultiNA對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行了分析。分析熒光色素使用SYBR Gold, MultiNA專用試劑盒和DNA-1000試劑盒 (表2) 。
3分析結(jié)果
通過(guò)微芯片電泳結(jié)果，我們能夠確認(rèn)從Human genomic DNA靶向的HumanBeta-2-microglobin區(qū)域的擴(kuò)增為200 bp, 600 bp, 1000 bp和更高的1400 bp (圖2) 。其中200 bp、600 bp和1000 bp,可以清楚地確認(rèn)擴(kuò)增DNA，1400 bp的擴(kuò)增產(chǎn)物相比較少，主要可能是由于PCR擴(kuò)增效率較低。但與瓊脂糖凝膠電泳+溴化乙錠染色相比，MultiNA的熒光檢測(cè)靈敏度高出一個(gè)數(shù)量級(jí)。因此我們也認(rèn)為本次檢測(cè)成功地檢測(cè)出了1400 bp的擴(kuò)增產(chǎn)物。
4總結(jié)
本次，通過(guò)使用Promega公司的GoTaq Rapid PCR Master Mix作為PCR的反應(yīng)試劑，使用Eppendorf公司的Mastercycler X50s進(jìn)行終點(diǎn)PCR, PCR的反應(yīng)僅用了13 分鐘30 秒就完成。此外，PCR產(chǎn)物通過(guò)島津微芯片電泳裝置MultiNA進(jìn)行全自動(dòng)分析，無(wú)需制備凝膠。無(wú)論樣本數(shù)量多少，MultiNA在大約10 分鐘到15 分鐘內(nèi)即可完成從試劑制備到樣本收集的分析前準(zhǔn)備工作，并開(kāi)始電泳，并且分析開(kāi)始后，用戶只需等待結(jié)果無(wú)需人工操作。
通過(guò)結(jié)合使用GoTaq Rapid PCR Master Mix、Mastercycler X50s和島津微芯片電泳裝置MultiNA,可以大大縮短終點(diǎn)PCR所需的時(shí)間，并減少人工操作環(huán)節(jié)。
關(guān)聯(lián)儀器:島津微芯片電泳裝置MultiNA
①. 高速分析：最多108 個(gè)樣品的高速自動(dòng)分析操作
②. 高靈敏度：靈敏度約高于使用溴化乙錠染色法電泳膠片的10 倍
③. 高分辨率：可以解決瓊脂糖凝膠電泳難以分離的碎片
④. 高重現(xiàn)性：通過(guò)內(nèi)標(biāo)的自動(dòng)混合與共遷移，實(shí)現(xiàn)高重現(xiàn)性
⑤. 成本低廉：每次分析完成后，所有管線及微芯片自動(dòng)清洗，微芯片可重復(fù)利用
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