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如何利用CRISPR改造植物基因組

閱讀:551          發(fā)布時間:2017-4-27

如今,CRISPR技術(shù)已經(jīng)用于許多植物基因組的改造,包括的模式生物,如擬南芥和蒺藜苜蓿,以及重要的經(jīng)濟作物,如馬鈴薯、玉米、小麥、水稻和蘑菇等。盡管CRISPR系統(tǒng)在大多數(shù)物種中都通用,但涉及到植物細胞的編輯,還是不能一成不變。

AddgeneJoel McDade在此介紹了植物基因組的改造,突出了CRISPR系統(tǒng)針對植物的特定改變,并概括了科研人員的植物基因組編輯工具。

CRISPR的各個組分

總的來說,之前的實驗設(shè)計規(guī)則也適用于植物的基因編輯。不過,常用的CRISPR質(zhì)??赡苄枰鲆恍└淖儯拍茉谥参锛毎衅鹱饔?。與其他模式系統(tǒng)一樣,Cas9Cas9變異體和單鏈向?qū)?/span>RNAgRNA)的表達就足以修飾植物的基因組。

與其他生物一樣,gRNA也是由~20個核苷酸的靶向序列和~75個核苷酸的支架序列組成,不過驅(qū)動gRNA表達的啟動子則取決于所使用的細胞類型。在植物細胞中,gRNA的表達可通過植物特異的RNA pol III啟動子來驅(qū)動,如AtU6、TaU6、OsU6OsU3Addgene提供了30多種不含gRNA的骨架,方便你插入靶向序列,zui快構(gòu)建好載體。

目前,研究人員已經(jīng)對一些Cas9變異體進行密碼子優(yōu)化,以加強在植物細胞中的翻譯。同時,他們也使用缺乏核酸酶活性的Cas9激活物(如dCas9-VP64)或阻遏物(dCas9-KRAB dCas9-SRDX)來激活或抑制植物細胞中的目標基因。

Cas9表達通常是由植物來源的RNA pol II啟動子驅(qū)動的。舉個例子,常用的RNA pol II啟動子包括花椰菜花葉病毒35S啟動子(CaMV 35S)或泛素啟動子。Addgene也提供了含有Cas9的質(zhì)粒,可用于目標基因的敲除、激活和抑制。之前提到的許多不含gRNA的骨架也包含Cas9,可同時表達Cas9gRNA。

將這些組分導入植物細胞

一旦萬事俱備,下一步就是將CRISPR組分導入細胞了。記住,這些組分的導入對任何實驗而言都是至關(guān)重要的,若gRNACas9表達失敗,結(jié)果肯定不樂觀。CRISPR組分可瞬時表達,也可穩(wěn)定表達,這取決于導入方法和細胞類型。

你可以選擇用PEG(聚乙二醇)來導入CRISPR組分并瞬時表達,但這種方法于原生質(zhì)體細胞,也就是細胞壁被去除的植物細胞。你也可以選擇農(nóng)桿菌介導的導入,它利用農(nóng)桿菌作為載體,將你感興趣的基因?qū)肽康募毎?/span>Johannes Stuttmann實驗室提供了pDGE Dicot Genome Editing Kit,包含了各種帶有Cas9且與農(nóng)桿菌兼容的載體。

對于植物的基因組改造,盡管許多細節(jié)不同,如啟動子、蛋白序列或轉(zhuǎn)染方法,但基本原理還是與其他系統(tǒng)無異。目前已經(jīng)有很多文獻發(fā)表,也有很多工具出現(xiàn),因此你*不必擔心。大膽地去試試吧

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